The hlavní rozdíl mezi mikrobiomem a mikrobiotou je to mikrobiom popisuje celý biotop mikroorganismů, včetně bakterií, archea, nižších a vyšších eukaryot a virů, jejich genomů (tj. genů) a okolních podmínek prostředí, zatímco mikrobiota je soubor mikroorganismů přítomných v definovaném prostředí.

Mikrobiom a mikrobiota jsou dva termíny, které používáme zaměnitelně k popisu mikrobiálních komunit. Existuje však výrazný rozdíl mezi mikrobiomem a mikrobiotou. Mikrobiom dále zahrnuje jak biotické, tak abiotické faktory konkrétního stanoviště, zatímco mikrobiota zahrnuje pouze biotické faktory.

Abiotické, biotické, genetické líčení, mikrobiom, mikrobiota, mikroorganismy

Co je mikrobiom

Mikrobiom je termín, který popisuje kolektivní genomy mikroorganismů, které se nacházejí ve výklenku prostředí nebo v mikroorganismech samotných. Tento termín také vychází z definice biomu, která odkazuje na shromažďování všech biotických faktorů v konkrétním prostředí. Kromě toho popisuje okolní podmínky prostředí mikroorganismů.

Obrázek 1: Mikrobiom rostlin

Někteří vědci však definici mikrobiomu omezují na sběr genů a genomů členů mikrobioty. Zde tedy mikrobiom označuje metagenom, což je genetický materiál nacházející se ve vzorku prostředí. Mikrobiom však v širším smyslu může popisovat metagenom spolu s prostředím, které představuje konkrétní lokalitu. Mikrobiom je navíc vždy studován společně s metagenomikou, metabonomií, metatranscriptomikou a metaproteomikou v kombinaci s klinickými nebo environmentálními metadaty.

Co je to mikrobiota

Microbiota je ekologické společenství komenzálních, symbiotických a patogenních mikroorganismů. Termín zavedli Lederberg a McCray, kteří zdůraznili význam mikroorganismů obývajících lidské tělo z hlediska zdraví a nemocí. Mikrobiota obecně zahrnuje bakterie, archea, prvoky, houby a viry. Tyto mikroorganismy mohou být klíčové pro imunologickou, hormonální a metabolickou homeostázu jejich hostitele.

Obrázek 2: Mikrobiota lidské kůže

Kromě toho molekulární metody, které se spoléhají na analýzu 16S rRNA genů, 18S rRNA genů nebo jiných markerových genů a genomových oblastí biologických vzorků, zahrnují definování mikrobioty konkrétního organismu nebo části organismu. Zde jsou techniky molekulární biologie zahrnující amplifikaci a sekvenování DNA a další taxonomické úlohy užitečné k identifikaci typu mikroorganismů v mikrobiotě.

Podobnosti mezi mikrobiomem a mikrobiotou

Rozdíl mezi mikrobiomem a mikrobiotou

Definice

Mikrobiota se týká celého prostředí mikroorganismů, včetně bakterií, archea, nižších a vyšších eukaryot a virů, jejich genomů (tj. Genů) a okolních podmínek prostředí, zatímco mikrobiota označuje soubor mikroorganismů přítomných v definovaném prostředí. Toto je hlavní rozdíl mezi mikrobiomem a mikrobiotou.

Biotické a abiotické faktory

Mikrobiom dále popisuje biotické i abiotické faktory spojené s mikroorganismy v konkrétním prostředí, zatímco mikrobiota popisuje pouze biotický faktor mikroorganismů v daném prostředí.

Význam

Další rozdíl mezi mikrobiomem a mikrobiotou spočívá v tom, že se mikrobiom zaměřuje hlavně na genetické složení mikroorganismů, zatímco mikrobiota se zaměřuje hlavně na typ mikroorganismů v prostředí.

Závěr

Mikrobiom popisuje mikroorganismy, jejich genomy a další abiotické faktory spojené s mikroorganismy v konkrétním prostředí. Proto se zaměřuje také na genetické složení mikroorganismů. Na druhé straně mikrobiota popisuje sběr ekologického společenství mikroorganismů. Navíc se to zaměřuje pouze na biotické faktory tvořené mikroorganismy v biotopu. Hlavním rozdílem mezi mikrobiomem a mikrobiotou je tedy typ faktorů, které popisují každý termín.

Reference:

1. Marchesi, Julian R a Jacques Ravel. "Slovník výzkumu mikrobiomů: návrh." Microbiome vol. 3 31. 30. července 2015, doi: 10,1186/s40168-015-0094-5.

Obrázek s laskavým svolením:

1. „Rostlinný mikrobiom“ od Murali Gopal & Alka Gupta-výběr mikrobiomu by mohl podpořit strategie šlechtění rostlin příští generace, fronta. Microbiol., 7. prosince 2016. (CC BY-SA 4.0) prostřednictvím Commons Wikimedia 2. „Skin Microbiome20169-300“ Darryl Leja, NHGRI (Public Domain) prostřednictvím Commons Wikimedia